Processus d'extraction d'acide nucléique

L'extraction des acides nucléiques est une étape fondamentale de la biologie moléculaire et des tests de diagnostic, permettant aux chercheurs et aux professionnels de la santé d'isoler l'ADN ou l'ARN de divers échantillons biologiques pour une analyse en aval. Voici un aperçu du processus d’extraction des acides nucléiques :

Collecte d'échantillons: Le processus commence par la collecte d'échantillons biologiques contenant les acides nucléiques cibles. Les échantillons peuvent inclure du sang, des tissus, de la salive, des écouvillons, de l'urine ou d'autres fluides corporels, selon l'application spécifique.

Lyse d'échantillon: Les échantillons collectés sont lysés pour ouvrir les cellules et libérer les acides nucléiques. Les tampons de lyse contenant des détergents, des agents chaotropiques ou des enzymes sont généralement utilisés pour perturber les membranes cellulaires et dégrader les protéines, permettant ainsi l'accès aux acides nucléiques.

Liaison des acides nucléiques : Une fois les acides nucléiques libérés dans le lysat, ils doivent être liés sélectivement à une matrice en phase solide, telle que des membranes de silice ou des billes magnétiques. Le choix de la matrice de liaison dépend de facteurs tels que le type d’échantillon, le type d’acide nucléique (ADN ou ARN) et les applications en aval.

La lessive: Après liaison, la matrice en phase solide est lavée pour éliminer les contaminants tels que les protéines, les lipides et autres débris cellulaires. Les étapes de lavage aident à purifier les acides nucléiques et à réduire le bruit de fond lors des analyses ultérieures.

Élution : Les acides nucléiques purifiés sont ensuite élués de la matrice en phase solide à l'aide d'un tampon à faible teneur en sel ou d'eau. L'élution libère les acides nucléiques dans une solution propre, prête pour des applications en aval telles que la PCR (réaction en chaîne par polymérase), le séquençage ou d'autres analyses moléculaires.

Contrôle de qualité: Les acides nucléiques extraits peuvent subir des étapes de contrôle de qualité pour évaluer leur concentration, leur pureté et leur intégrité. Les méthodes courantes de quantification comprennent la spectroscopie UV (par exemple, à l'aide d'un spectrophotomètre) ou la fluorométrie (par exemple, à l'aide d'un test basé sur la fluorescence). La pureté est souvent évaluée en mesurant le rapport d'absorbance à des longueurs d'onde spécifiques (par exemple, rapport A260/A280 pour l'ADN ou rapport A260/A230 pour l'ARN). L'intégrité peut être évaluée par électrophorèse sur gel ou électrophorèse capillaire.

Stockage: Les acides nucléiques purifiés peuvent être conservés à des températures appropriées (-20°C ou -80°C) pour un stockage à court ou à long terme, en fonction de l'utilisation prévue et des exigences de stabilité.

Il est important de noter que les protocoles d'extraction d'acide nucléique peuvent varier en fonction du type d'échantillon spécifique, du type d'acide nucléique souhaité, des applications en aval et de l'équipement ou des kits disponibles. Les chercheurs et le personnel de laboratoire optimisent souvent les protocoles d’extraction pour obtenir des rendements, une pureté et une intégrité élevés des acides nucléiques extraits pour une analyse fiable en aval. De plus, l’automatisation et les approches basées sur des kits sont devenues de plus en plus courantes pour rationaliser et standardiser le processus d’extraction, en particulier dans les laboratoires à haut débit.

Processus d'extraction de l'acide nucléique du virus de la grippe

Le processus d’extraction des acides nucléiques pour le virus de la grippe suit généralement un flux de travail similaire à celui de l’extraction générale des acides nucléiques, avec quelques considérations spécifiques au virus et aux échantillons traités. Voici un aperçu du processus d’extraction des acides nucléiques pour le virus de la grippe :

Prélèvement d'échantillons : des écouvillons nasopharyngés, des lavages nasaux, des écouvillons de gorge ou des sécrétions respiratoires sont généralement prélevés sur des personnes soupçonnées d'être infectées par la grippe.

Inactivation des échantillons : Pour garantir la biosécurité et prévenir la transmission virale, les échantillons collectés peuvent être traités avec un tampon d'inactivation virale approprié ou un traitement thermique pour rendre le virus non infectieux tout en préservant les acides nucléiques pour l'extraction.

Lyse des échantillons : les échantillons inactivés sont lysés pour libérer l'ARN viral. Des tampons de lyse contenant des détergents, des agents chaotropiques ou des enzymes sont utilisés pour perturber les enveloppes virales et libérer les acides nucléiques viraux.

Liaison aux acides nucléiques : Après la lyse, l'ARN viral est sélectivement lié à une matrice en phase solide, telle que des membranes de silice ou des billes magnétiques, par le biais d'un processus qui implique généralement des sels chaotropiques et de l'éthanol. Cette étape permet la purification et la concentration de l’ARN viral.

Lavage : la matrice en phase solide contenant l'ARN viral lié est lavée pour éliminer les contaminants tels que les protéines, les débris cellulaires et les inhibiteurs susceptibles d'interférer avec les applications en aval.

Élution : L'ARN viral purifié est élué de la matrice en phase solide à l'aide d'un tampon à faible teneur en sel ou d'eau. L'élution libère l'ARN viral dans une solution propre, prête pour une analyse en aval telle que la réaction en chaîne par polymérase par transcription inverse (RT-PCR) pour la détection et la caractérisation du virus de la grippe.

Contrôle qualité : l'ARN viral extrait peut subir des étapes de contrôle qualité pour évaluer sa concentration, sa pureté et son intégrité à l'aide de méthodes telles que la spectroscopie UV, la fluorométrie ou la RT-PCR.

Stockage : L'ARN viral purifié peut être conservé à des températures appropriées (-20°C ou -80°C) pour un stockage à court ou à long terme, en fonction de l'utilisation prévue et des exigences de stabilité.

Il est important de noter que le processus d'extraction des acides nucléiques du virus de la grippe peut varier en fonction de facteurs tels que le type d'échantillon spécifique, la charge virale, la méthode de détection utilisée et l'équipement ou les kits disponibles. De plus, les précautions de biosécurité doivent être strictement suivies pour empêcher la transmission virale pendant le traitement des échantillons. Les plates-formes d'extraction automatisées et les kits d'extraction commerciaux spécialement conçus pour la détection du virus de la grippe sont couramment utilisés pour rationaliser et standardiser le processus d'extraction dans les laboratoires cliniques et de recherche.