Types de PCR (réaction en chaîne par polymérase)

La réaction en chaîne par polymérase (PCR) est une technique polyvalente de biologie moléculaire utilisée pour amplifier des séquences spécifiques d'ADN ou d'ARN. Au fil des années, différents types de PCR ont été développés pour répondre à différents besoins de recherche et de diagnostic. Voici quelques types courants de PCR :

1. PCR conventionnelle : Il s’agit de la méthode PCR standard qui implique des cycles de dénaturation, de recuit et d’extension. Il est utilisé pour l’amplification générale de l’ADN, le séquençage et le clonage.
2. PCR de transcription inverse (RT-PCR) : La RT-PCR est utilisée pour amplifier l’ARN en ADN complémentaire (ADNc) et est souvent utilisée pour étudier l’expression des gènes. Deux variantes courantes incluent la RT-PCR quantitative (qRT-PCR) pour quantifier les niveaux d’ARN et la RT-PCR imbriquée pour une sensibilité accrue.
3. PCR en temps réel (qPCR) : La PCR en temps réel permet la quantification de l'ADN ou de l'ARN pendant le processus d'amplification. Il est largement utilisé pour l’analyse de l’expression génique, la quantification de la charge virale et le génotypage.
4. PCR multiplex : La PCR multiplex amplifie plusieurs séquences cibles en une seule réaction. Il est utile pour détecter plusieurs agents pathogènes ou génotyper plusieurs locus simultanément.
5. PCR nichée : La PCR imbriquée implique deux cycles d'amplification, où le produit de la première PCR sert de modèle pour la seconde. Il est utilisé pour augmenter la spécificité et la sensibilité, en particulier lorsque l’on travaille avec de l’ADN dégradé ou à faible nombre de copies.
6. PCR à démarrage à chaud : La PCR à démarrage à chaud utilise des ADN polymérases modifiées qui sont inactives à des températures plus basses. Cela empêche une amplification non spécifique pendant les étapes initiales de la PCR et est particulièrement utile lorsque vous travaillez avec des modèles complexes.
7. PCR haute fidélité : La PCR haute fidélité utilise des ADN polymérases dotées de capacités de relecture pour minimiser les erreurs lors de la réplication de l'ADN. Il est essentiel pour des applications telles que le séquençage et le clonage de l’ADN.
8. PCR numérique (dPCR) : La PCR numérique divise l'échantillon en milliers de petites réactions, permettant une quantification absolue des molécules d'ADN ou d'ARN cibles. Il est très précis et est utilisé dans la détection et la quantification d’allèles rares.
9. PCR inverse : La PCR inverse amplifie les fragments d'ADN avec des séquences connues aux extrémités, ce qui la rend utile pour étudier les régions inconnues flanquant les séquences connues.
10. PCR de colonie : La PCR sur colonies est utilisée pour détecter dans les colonies bactériennes la présence de fragments d'ADN spécifiques, souvent après des expériences de clonage.
11. PCR d'extension de chevauchement (épissage par extension de chevauchement ou SOE-PCR) : La SOE-PCR est utilisée pour créer des molécules d'ADN chimériques ou effectuer une mutagenèse dirigée en joignant des fragments d'ADN avec des séquences qui se chevauchent.
12. PCR asymétrique : La PCR asymétrique utilise un excès d’une amorce pour amplifier préférentiellement un brin de l’ADN cible. Il est utilisé dans le séquençage et le génotypage de l'ADN.

Ce ne sont là que quelques-unes des nombreuses techniques PCR spécialisées disponibles, chacune étant adaptée à des exigences spécifiques de recherche ou de diagnostic. Les chercheurs choisissent le type de RAP approprié en fonction de la nature de leur projet et des informations qu'ils cherchent à obtenir.